Tahun Akademik 2008-2009, UIN Sultan Syarif Kasim Riau, khususnya seluruh Fakultas dan Rektorat telah pindah ke kampus II Raja Ali Haji (kampus UIN Panam), sedangkan kampus I Tuanku Tambusai (kampus UIN Sukajadi) khusus untuk Program Pascasarjana dan beberapa pelayanan akademik lainnya, seperti belajar dan mengajar di Pusat Pengembangan Pelayanan Bahasa (P3B).
Saat ini UIN Suska telah memiliki bangunan gedung seluas 33.080 m2 yang terdiri atas 7.320 m2 di kampus I, Jl. K.H. Ahmad Dahlan yang disebut juga dengan kampus “Tuanku Tambusai”, dan 974.934 m2 di kampus II di Jl. H.R. Soebrantas km. 15 no. 155 Simpang Baru Tampan yang disebut juga dengan kampus “Raja Ali Haji”. Bangunan tersebut dibiayai melalui Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara. Sedangkan pembangunan fisik di Kampus “Raja Ali Haji” gencar dilakukan, baik melalui Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN), Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) Provinsi dan Kabupaten/Kota, perusahaan swasta, dana IDB maupun bantuan berbagai pihak lainnya.
Daftar fasilitas dan sarana prasarana yang terdapat di Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau antara lain adalah sebagai berikut